Im Jahre 0079 des Universal Century setzt die White Base ihre Reise durch das Weltall fort, verfolgt von den Elitetruppen und den Kommandos des Herzogtums Zion. Amuro und seine Freunde finden sich dabei mitten im Kriegsgeschehen wieder und sind nun direkt mit den Schrecken und der harten Wirklichkeit dieser Auseinandersetzungen konfrontiert.