Der Pilotin Mari gelingt es mit EVA 05, den 3. Engel in der NERV-Außenstelle Bethania zu besiegen. In der Zwischenzeit kommen Asuka und EVA 02 in Japan an und zerstören den 7. Engel. Doch der 8. Engel nähert sich bereits aus dem Weltall und greift das NERV-Hauptquartier an. Nur durch die Zusammenarbeit der drei Children gelingt es, ihn in letzter Sekunde zu stoppen. Als die EVA-Einheit 03 nach Japan gebracht wird, um dort mit Asuka die erste Aktivierung zu durchlaufen, stellt sich heraus, dass die Einheit vom 9. Engel übernommen wurde. Shinji soll die außer Kontrolle geratene EVA-Einheit zerstören, weigert sich jedoch, weil er Asuka nicht gefährden will. Sein Vater Gendo aktiviert daraufhin das Dummy-Plug-System und der ferngesteuerte Kampf gegen EVA 03 beginnt ...