Ein halbes Jahr ist seit der Beendigung des Konfliktes rund um Fate und dem Beginn der innigen Freundschaft zwischen ihr und Nanoha vergangen. Um Fate ein möglichst normales Leben zu ermöglichen zieht ihre neue Adoptivmutter Lindy mit Fate und Arf auf die Erde, wo Fate nun die gleiche Klasse wie Nanoha besucht. Doch die Freude über ihre Wiedervereinigung währt nur kurz, denn schon kurz darauf werden die Wolkenritter in der Stadt gesichtet, eine Gruppe von magischen Rittern, welche dem »Buch der Finsternis« entstammen und dessen Seiten durch das Absorbieren magischer Kräfte zu füllen trachten, um so ihrem Meister zu großer Macht zu verhelfen.